Khi hổ Mã Lai được công nhận như một phân loài trong gia đình nhà hổ thì tin tức này đã được đón chào nồng nhiệt tại Malaysia. Tuy nhiên, sau đó đã diễn ra tranh cãi về việc đặt tên khoa học cho nó. Các nhà nghiên cứu đề nghị tên gọi Panthera tigris jacksoni để ghi nhận công trình của Peter Jackson về các loài thú dạng mèo lớn.

Tuy nhiên, Hiệp hội Vườn thú và Bể cảnh Malaysia (MAZPA) cũng như chính quyền Malaysia đã phản đối điều này và cho rằng người ta cần phải tham khảo ý kiến của Malaysia về việc đặt tên cho biểu tượng quốc gia của họ.[2] Malaysia cho rằng việc đặt tên phải phản ánh khu vực địa lý có phân loài hổ này là Malaysia. Vì thế, tại Malaysia, hổ Mã Lai được định danh khoa học là Panthera tigris malayensis. Vườn thú San Diego cũng sử dụng tên gọi khoa học này.[3]

Tuy nhiên, một nghiên cứu di truyền được công bố vào năm 2018 đã hỗ trợ sáu dòng nhánh đơn ngành dựa trên phân tích trình tự toàn bộ bộ gen của 32 mẫu vật. Hổ Mã Lai dường như khác biệt với các mẫu hổ châu Á đại lục khác, do đó ủng hộ khái niệm sáu phân loài.

Trong tiếng Mã Lai, hổ được gọi là harimau, cũng được viết tắt là rimau[4]. Nó còn được gọi là hổ Nam Đông Dương, để phân biệt với quần thể hổ ở phía bắc của Đông Dương khác biệt về mặt di truyền với quần thể này[5].